Если руками, то в BDE Administrator (BDE Configuration Utility).
Если при инсталляции твоей программы, то - В пункте Make Registry Changes InstallShield'а создай ключ
HKEY_LOCAL_MACHINESOFTWAREBorlandDatabase EngineSettingsSYSTEMFORMATSTIMEMILSECONDS=TRUE